En tant que francophone mal lettré, je n’y vois qu’une évolution logique liée aux tournures : ne … pas, ne … point, ne … plus, ne … jamais, ne … que :

ne = interdire … (l’action)

• pas (au présent, dans l’instant),
• point (= pas, soutenu),
• plus (jamais dans l’avenir),
• jamais (absolu),
• que (dans telle limite).

Le que passe les interdictions ‘absolues’ des quatre premiers à une limitation de l’action ; on passe d’un tout à une subdivision de ce tout désignée par ce que.

C’est le que « Qui désigne une personne ou une chose ».

Pour reprendre l’exemple cité :

« Ce ne sont que des mots » → « Ils sont seulement des mots » → « Ils sont dans la limite des mots ».

^{Références extraites du petit Robert}