Les missions sur lesquelles j’ai travaillé ont toujours dépassé les attentes.

Serait la phrase voulue.

Lesquelles

Les missions (féminin pluriel).

J’ai travaillé …

Pas de complément direct, donc ne s’accorde pas.

Les missions ont dépassé quoi?

Les attentes. Puisque le complément direct est après le verbe, il ne s’accorde pas.

Pour plus d’information, aller se référer à une grammaire de choix et aller voir les règles d’accord des participes passés avec avoir.