Yes, it sounds very natural. So does the second version with dislocation.

To be clear, it is very natural oral and informal French, but would not be considered correct. The correct phrasing is “Paul veut-il une pomme ou une banane ?” (or “Est-ce que Paul veut une pomme ou une banane ?”), but you would rarely hear that in everyday spoken French.

Both are correct even if they are very colloquial.

As alternatives questions you could say:

If you ask him directly:

De quels fruit as-tu envie, Paul ? Il me reste une pomme et une banane.

Quel fruit veux-tu, Paul ? Il me reste une pomme et une banane.

Paul, veux-tu une pomme ou une banane ?

If you ask someone else:

S’il te plait, demande à Paul si il veut une pomme et une banane.

Paul veut-il une pomme ou une banane ?