À l’oral, la version « est-ce que » est passe-partout excepté peut-être dans des situations très formelles. Dans la vie de tous les jours, mettre le verbe avant le pronom vous vaudra des réactions étonnées ; presque personne ne parle comme ça. Je n’imaginerais pas le faire sauf, par exemple, pour un entretien d’embauche.

Changer seulement l’intonation est plutôt réservé aux amis et en général aux gens qu’on tutoie. Mais « est-ce que » est aussi couramment utilisé dans cette situation.

À l’écrit, mettre le verbe avant le pronom est la manière normale. La seule exception habituelle qui me vient à l’esprit concerne les dialogues, où on peut évidemment utiliser le registre oral.

Je reprends la structure de la question pour ma réponse :

1) pour parler à des amis tu peux simplement changer l’intonation :

Tu habites en Belgique ?

2) pour une situation formelle on a une inversion verbe-sujet + l’utilisation de la 2e personnes du pluriel en général, la forme polie :

Habitez-vous en Belgique ?

3) à l’écrit on utilisera rarement le point 1) propre à l’oration. On préfera le cas 2) pour les écrits formels ou le standard avec est-ce que + sujet-verbe :

Est-ce que tu habites en Belgique ?

à noter que dans le point 2) on peut garder le sujet devant et avoir une inversion sujet-verbe dont le sujet est repris via un pronom (ici il pour François) :

François habite-t-il en Belgique ?