The literal translation of this sentence would be: “This folder will help you to find you there, in the contracts that you will accept.”
Which implies more like the meaning, that you will not get lost in your contracts (i.e. the pronoun “y” substitues for some place between contracts, so it is a bit idiomatic).

Just if you want to know more on pronouns “y/en”:
There are two pronouns like this “y” and “en”. You use y, if you want to substitute for an element, which is in context used with a verb with prep. “à” (for example “aller à Londre” = “y aller”). It is not important that it is a place, it can be whatever, that suits the situation. In case of pronoun “en” the verb is with prep. “de” (“on parle de cette chose” = “on en parle”).

La question revient à demander si se retrouver et s’y retrouver ont des sens semblables dans leurs emplois figurés.

On trouve de fait l’emploi des deux mais il me semble que chacun exprime une nuance différente. J’arrive à mieux expliquer mon raisonnement en parlant de comptes (ou de comptabilité).

Je ne me retrouve pas dans ces comptes.

→ J’exprime le fait que je pense qu’il doit y avoir une erreur quelque part, les comptes ne tombent pas justes.

Je ne m’y retrouve pas dans ces comptes.

→ J’exprime le fait que tout est en désordre : postes mal attribués ou oubliés par exemple, mais je ne pense pas forcément à une erreur de calcul, bref les choses ne sont pas à leur place, d’où la présence du y.

S’y retrouver peut aussi avoir le sens de « rentrer dans ses frais ». Par exemple :

L’entreprise qui entretient les abribus ne prend pas d’argent mais ils affichent de la publicité gratuitement et donc ils s’y retrouvent largement.

Passons aux contrats.

Ce dossier t’aidera à t’y retrouver dans les contrats.

→ Ce dossier t’aidera à retrouver la place de chaque contrat, à les classer.

Ce dossier t’aidera à te retrouver dans les contrats.

→ Ce dossier t’aidera à comprendre les contrats.

Ce dossier t’aidera à t’y retrouver dans les contrats […]

“Y” makes reference to “dans les contrats” which is a rather common construction but usually requires a comma which has probably been dropped because of usage:

Ce dossier t’aidera à t’y retrouver, dans les contrats.

There are other similar phrasal verbs like:

• S’y plaire
• S’y habituer
• Y gagner
• Y voir (plus) clair

I think that the presence of “y” just makes it easier to immediately pick one meaning from all the possible meanings of the different verbs. Common usage made them phrasal verbs.