Je crois que la formulation “originale” de l’expression (qui est aujourd’hui figée) est quelque chose comme “ce n’est que le début de X”, qui inclut bel et bien un complément en de qui devient le pronom en dès lors que l’on réorganise la phrase pour faire de X le sujet.

Je ne peux pas vraiment élaborer plus car mon ouvrage de référence habituel (Grevisse, Bon Usage, 14e éd.) ne parle pas de cette construction. Si ça vous intéresse, les usages de en pronom sont couvert sous la section §676.

« en » and « ses » do not overlap, here.

« en être » is (among other uses) commonly used to imply progression. For example, « T’es où ? » means “Where are you?” (physical location), whereas « T’en es où ? » roughly means “How much did you progress?” (on a task implied by the context).

Here, you’re referring to the progression of your interlocutor’s professional life, not to its location, so « en » seems adequate.