Je pense que le mot “il” se réfère au “regard préoccupé” qui “faisait pointus” les yeux d’Andrée. Le regard que le narrateur voit passer dans les yeux d’Andrée donne à ses yeux une apparence pointue. La phrase est tournée à l’envers pour donner un effet de style, j’imagine. Si on la tourne dans l’autre sens ça donne :

[…] je vis passer un regard préoccupé dans les yeux d’Andrée qu’il faisait pointus comme ces pierres […]

C’est sans doute moins joli (voire grammaticalement incorrect, j’ai juste coupé et collé des mots pour réorganiser la phrase) mais on voit bien que c’est “le regard” qui “faisait pointus” les yeux d’Andrée. (Et c’est de toute manière le seul mot au masculin singulier de la phrase ; je n’ai pas l’impression que ça se réfère à quelque chose de la phrase précédente.)

The pronoun “il” refers to Andrée’s “regard préoccupé”; it is this “regard préoccupé” which makes Andrée’s eyes look “pointus”. I believe the sentence was written in this way for a stylistic effect, but if you write it in the opposite way, you get:

[…] je vis passer un regard préoccupé dans les yeux d’Andrée qu’il faisait pointus comme ces pierres […]

and then I think it’s clearer that the “il” refers to the “regard”. (Besides, “regard” is the only word using the singular masculine in the sentence, and reading the context I don’t think the “il” refers to something from the previous sentence.)

Il ne renvoie pas à Andrée, mais à l’état des yeux d’Andrée, comme s’il y avait des pointes (des clous fins et piquants, et non deux pieux affûtés) dans son regard.

Pointus : tapissé de pointes, comme le tapis d’un yogi de bandes dessinées.

Le s de pointus accorde pointu à yeux, s’il s’agit d’une erreur typographique, c’est à l’état.

En aucun cas pointue n’est possible, car cela imposerait le elle qui renvoie à Andrée.

De nos jours on dirait … qui étaient pointus, pour parler de l’expression des yeux d’un regard inquisiteur, en recherche ou inquiet.

Mais Andrée n’a pas naturellement les yeux pointus, elle vient seulement de les rendre ainsi sous une émotions récente, leur état est maintenant “yeux tapissés de pointes“.

L’expression Faire les yeux [expression/qualité] est correcte en français :

• Faire les yeux doux à sa promise

Familièrement on dit à une personne étonnée :

• Arrête de me faire ces yeux de merlans frits (très étonné).

L’utilisation de faisait (au lieu étaient) donne une intensité différente, un mouvement liée au moment. Najib dans son commentaire propose l’équivalent rendait.

La phrase à prendre en compte :

• …, je vis dans les yeux d’Andrée, qu’il faisait pointus , … , passer un regard préoccupé, …

Si l’on change l’adjectif :

• …, je vis dans les yeux d’Andrée, qu’il faisait doux, … , passer un regard ‘léger’, …

… on ne peut plus replacer le verbe étaient, car il ne s’agit pas de la qualité des yeux, mais de leur expression.

• … je vis dans les yeux d’Andrée, qu’il faisait beau, … , passer un regard ‘adamantin’, …

… on ne pourrait pas dire elle faisait beau, ce n’est donc pas d’Andrée qu’il s’agit, mais de l’état changeant de ses yeux.

Il est possible de dire : « Madame, à vous voir (à voir votre regard), il fait beau (dans votre cœur)… »

On pourrait alors paraphraser :

Andrée, pendant que je vous parle, il fait pointus (il y a des pointes), dans votre regard (vos yeux se sont durcis, aiguisés, ils sont incisifs)…

Pointus, allié au verbe faire, qualifie les yeux sans exprimer leur qualité biologique ou picturale ; il signe l’émotion naissante qui les traverse, les anime, il signale aussi un changement d’atmosphère.

M. Proust ayant déplacé les repères de la construction ‘normale’ d’une phrase offre une perspective différente, dans le registre de l’expression poétique.