Commissionner, au sens de charger quelqu’un d’une fonction étant un verbe français et la construction dé + verbe étant légitime, je ne crois pas que l’on puisse parler d’anglicisme à son sujet.

Il est en revanche vrai que, contrairement à l’anglais, je ne l’ai jamais lu utilisé relativement à une entité non-humaine.

En CE sens, oui, cela deviendrait un anglicisme.

Relativement à une installation, un système qu’un anglais “would decommission”, le français préfèrerait certainement : “démanteler“.