It depends. If the audience knows some maths or computer science, “modulo” would be readily understood, IMHO. Otherwise,

Cette proposition est la meilleure jusqu’ici, si on ne prend pas en compte le fait que certaines parties ont besoin de modification.

is perfectly correct (without “en”). More relaxed:

Cette proposition est la meilleure jusqu’ici, sauf pour certaines parties qui ont besoin de modifications.

This one also might work:

Cette proposition est la meilleure jusqu’ici, modulo quelques modifications.

One more:

Cette proposition est la meilleure jusqu’ici, avec juste quelques modifications.

But maybe the meaning is starting to drift: does the original want to stress that if we took modifications into account, it would no longer be the best proposal, or that it is the best, but will require a bit of work?

A better translation of modulo in this case would be à ceci près or even à cela près:

Cette proposition est la meilleure, à ceci près qu’on ne prend pas en compte le fait que certaines parties ont besoin de modification.