Après avoir vérifié, “train direct” veut bien dire “sans arrêt”. Ca s’applique aussi à un train sans correspondance, s’il ne fait pas d’autres arrêts.

Je pense que la confusion vient du fait que la SNCF utilise le terme “train” pour désigner un train, ou un trajet, ainsi que du fait qu’il n’y a pas de terme exact pour un “train sans correspondances”, qui techniquement, fait aussi son trajet “direct”.

Donc le terme “train direct” désigne un train qui ne s’arrête pas. Vivant en France, je l’ai toujours entendu/compris ainsi. Quand on parle du train direct “Lyon-Paris”, on sait directement qu’il s’agit d’un train qui fait le trajet en direct, aucune question ne se pose.

Par contre, pour un train sans correspondance, n’ayant pas de terme défini pour “sans correspondances”, on utilisera “direct”, “sans arrêt”, “sans correspondances”, ou autres, pour tenter de se faire comprendre.

Le sens de direct a évolué entre Zola et maintenant. Maintenant, comme tu le dis justement dans ta remarque, on utilise plus express.
Après, pourquoi le site web voyage-sncf utilise plus direct pour « sans correspondance » alors que la RATP utilise le sens de « sans arrêts intermédiaires ». C’est à mon avis parce que ce n’est pas destiné aux mêmes personnes.

Dans le premier cas, les gens cherchent un trajet (qui peut avoir des correspondances) et savoir s’il y a des arrêts intermédiaires importe peu.
Dans le second cas, les gens connaissent déjà l’itinéraire, et par construction ne feront pas de correspondance. Ici le terme « direct » est en fait une appellation un niveau supérieur aux trains « express ». Il y a les omnibus (tous les arrêts), les express (quelques arrêts), les directs (aucun arrêt).