In English, "ce n’est pas clair" means "this is not clear".
Simple as that.
"pas clair" means we do not know for sure.
This is why you get the subjonctive later.
Nothing is guaranteed regarding the statement.

Example. There is a race and two cars arrived, it would seem, at the same time at the arrival. Jean is saying one of the drivers won. But Delphine knows better.
Jean: "Je crois que Patrick a gagnè !"
Delphine, having no clue: "Ce n’est pas clair qu’il ait gagné. Il est arrivé en même temps".

Sounds a bit artificial yet this is correct. Delphine is making a point that nothing is certain for now (they may need to see pictures of the arrival line).

(And no, you cannot use "si" after this phrase)

L’expression étant rare, elle peut sonner faux mais on rencontre suffisamment d’occurrences de il n’est pas clair si pour ne pas la rejeter.

Rien n’interdit donc écrire:

Il n’est pas clair si elle préfère les gâteaux ou le chocolat.

Exemple d’utilisation :

Le texte dit en substance qu’«ils» ont des ressources importantes, mais il n’est pas clair si ce pronom renvoie aux deux camps ou aux seuls Athéniens.

Olivier Cosma, Les racines littéraires de l’Europe, 2010.

et:

b. Il n’est pas clair si Jean partira en Europe.
c. Il n’est pas clair quand/où Jean partira.

Catherine Léger, La complémentation de type phrastique des adjectifs en français, p 134, 2006.

Le mode qui suit « si » est l’indicatif.

Bien sûr, on peut trouver d’autres formes si la précédente déplaît, par exemple :

On ne sait pas si elle préfère les gâteaux ou le chocolat.
On ne devine pas si…
Sa préférence pour les gâteaux ou le chocolat n’est pas connue.
etc.

Voir aussi: Subjunctive or indicative after "ce n'est pas clair si"