Je vais essayer, mais cette réponse est soumise à validation par des vrais spécialistes de cet auteur et de cette période.

Inapplication

plus d’inapplication à l’argent que de libéralité

On dirait le sens B que donne le TLFi : désintérêt (pour la chose financière).

Intérêt

plus de libéralité que d’intérêt

intérêt a peut-être plus changé de sens depuis le XVIIème s. Le Dictionnaire de l’Académie Française de 1694 donne, pour intéresser : ‘Émouvoir, toucher de quelque passion’. ‘Plus de libéralité que d’intérêt’ pourrait vouloir dire que la reine est plus généreuse par nature (edit : ou par souci des apparences) que par un vrai intérêt pour autrui.

plus d’intérêt que de désintéressement

On dirait un genre de jeu de mots entre deux sens d’intéresser : 1/ intérêt-altruisme et 2/ intérêt-intéressement. Pour moi, le premier intérêt renvoie au sens précédent, c’est-à-dire intérêt pour autrui, et le second veut dire abnégation (edit : plutôt, c’est désintéressement veut dire abnégation, négligence de ses propres intérêts).

En français moderne, je paraphraserais ainsi :

la reine était plus désintéressée par l’argent que réellement généreuse,
elle était plus généreuse que sincèrement altruiste, et son altruisme n’était guère désintéressé.

Pas aussi clair et concis que chez JF, vous en conviendrez