Oui le mot fait est bien accordé ici, il faut donc dire:

Une des utilisations que j’en ai fait a été de […]

Le participe passé étant invariable.

Lorsque «en» est le COD d’un participe passé conjugué avec le verbe «avoir» et qu’il le précède, le participe passé est généralement invariable.»

Exemple:

«Des erreurs, j’en ai fait.»

La préposition reprend ici le mot «erreurs», «en» ne peut être ôtée de la phrase. Il n’y a donc pas d’accord. Source

Il faut écrire faite car une utilisation est dénombrable et le COD est que qui renvoie à une des…, pas le pronom en qui peut être retiré de la phrase :

Une des utilisations que j’ai faite à été de…

Une des utilisations que j’en ai faite à été de…

Une autre source qui confirme celles déjà fournies : Aidenet

Les deux possibilités sont correctes ; si le contexte est que plusieurs utilisations existent, celles-ci étant au préalable connues par d’autres personnes mais que seulement une a été faite par la personne qui parle, alors on utilise « faite » et on défini par ce choix « que j’en ai faite » comme complément du groupe nominal « une des utilisations » ; sinon les utilisations sont le fait de la personne qui parle, c’est à dire qu’elle a eu recours à plusieurs utilisations et on utilise « faites », ce qui force la définition de « que j’en ai faites » en tant que complément du noyau « utilisations » (sous noyau et noyau du groupe nominal « utilisations que j’en ai faites ».

On voit cela dans un exemple qui comprend deux concepts au lieu d’un (utilisation) ;

• la révision des devoirs que j’ai faite (J’ai fait une révision des devoirs de quelqu’un)
• la révision des devoirs que j’ai faits (J’ai fait les devoirs, quelqu’un d’autre a fait une révision ou personne ne l’a faite.)