Comme tu le sais en français, certains graphes ont plusieurs prononciations (le o dans population et porte par exemple. “Faisait” n’est pas une exception car, en fait, “ai” peut bel et bien se prononcer de deux façons :

• /e/ en fin de mot comme dans : « gai » /ɡe/, « (je) mangeai » /mɑ̃ʒe/ mais certains locuteurs prononcent /ɛ/ comme dans « vrai » /vʁɛ/, « chai » /ʃɛ/, « balai » /balɛ/ etc. ou encore dans « sais », « vais », « sait » et « vait », où /ɛ/ est courant1,2,3,4.
• /ə/ par tout le monde dans certains cas : « faisan » /fəzɑ̃/, « faisant » /fəzɑ̃/, « faisons » /fəzɔ̃/, « faiseur » /fəzœʁ/, « faisable » /fəzabl/. Tu remarqueras avec faisan, que cela ne vient pas de l’étymologie du verbe faire

Je pense, et cela n’engage que moi, que c’est lié au son /z/ qui suivrait le son /e/ assez difficile à prononcer.

Références :

• http://www.ipasource.com/extras/diction/French%20Charts.pdf
• http://fr.wikipedia.org/wiki/Prononciation_du_fran%C3%A7ais#cite_note-ipasource-13

Gilles Ménage, dans ses Observations sur la langue française de 1672, écrit ceci :

CLXVII. S’il faut dire fesant, ou faisant, au participe du verbe faire.

Les Parisiens disent fesant au participe du verbe faire : ce qui a esté remarqué et blamé par Béze, en son livre de la prononciation de la Langue Françoise. Neque hic mihi dissimulandum videtur vulgi Parisiensium vitium, qui faisant participium, pronunciant fesant, spondeo in jambum mutato¹ La prononciation des Parisiens a prévalu. Il faut donc dire fesant, comme on dit je ferois, et je feray.

Littré cite lui aussi Bèze et considère la prononciation en [fəz-] de faisant, faisons, faisez, faisait, etc. comme acquise.

Les autres mots de la famille de faire dont qui commencent par fais- (faisable, faiseur, etc.) se prononcent eux aussi [fəz-].

Je n’ai pas trouvé d’explication à cette faute des Parisiens. Il pourrait s’agir d’une contamination par la racine du futur (ferai, etc.). Le verbe latin facio était régulier aux temps actifs, mais la racine fer- remonte au moins à l’ancien français (« Nus les espees feruns vermeilles de chald sanc », dans la Chanson de Roland, cité par le TLF). L’irrégularité du verbe en Latin (au passif), et l’existence des verbes ferio (frapper, qui a donné férir) et fero (porter), combinées à la fréquence de son utilisation, ont pu contribuer à rendre ce verbe plus irrégulier.

Pour ce qui est du faisan, Littré affirme que la prononciation [fezɑ̃] (qui est aujourd’hui la seule) est minoritaire et due à une assimilation de faisant. Les deux racines sont effectivement les seules à avoir produit des mots commençant par fais- suivi d’une voyelle.

¹ _{Je m’essaie à traduire : et à ce sujet j’ai pu constater que le peuple parisien commet une faute, en prononçant fesant le participe faisant, et je m’engage à changer ??.}