Tu donnes la réponse (lénition) dans ta question. La prononciation avec le son /g/ et non /k/ est ancienne. Elle est attestée dès le Moyen-Age.

J’ajouterais qu’un des facteurs qui bloque certainement une prononciation en /k/ conforme à l’orthographe, c’est l’homophonie qui en résulterait entre second et ce con. Ce serait une source d’ambiguïté plaisante, Il est arrivé second pouvant être interprété en Il est arrivé, ce con.