It’s actually a part of an idiomatic French expression that translates as something along the lines of "it’s all very well doing …, but …" in English. In French, you can express this idea in several different ways. e.g.:

C’est bien joli de faire …, mais …

C’est bien beau tout ça, mais …

Faire … c’est bien gentil, mais …

… whereas the adjective "bon" would refer to the quality of those shops.

Your example can be paraphrased as:

Les grands magasins et les hypermarchés, c’est bien, mais …

Les grands magasins et les hypermarchés, c’est bien (tout) ça, mais …

Parce que les deux ont un sens voisin mais différent.

Les hypermarchés sont bons

voudrait dire, éventuellement par métonymie, que l’organisation des hypermarchés est efficace ou leurs employés, compétents, ou que les (aliments vendus dans les) hypermarchés ont bon goût.

Les hypermarchés sont bien

Bien peut signifier tout un tas de choses positives mais dans le contexte, il s’agit d’une appréciation globale et assez indéfinie de la valeur de ces magasins pour un client.