Oui. La tournure « ne … que » pour signifier « seulement » est une tournure négative, du point de vue de la grammaire. La règle pour omettre le ne est la même qu’avec les particules qui ont une valeur négative sémantiquement : on peut l’omettre à l’oral, dans un registre familier.

J’ai pas le temps.
J’ai jamais vu un truc pareil.
J’ai que deux mains.

Quelques manières très informelles (mais pas grossières) de dire « je ne comprends rien » :

Je pige rien. = Je capte pas. = J’entrave que dalle.

(Je déconseille ces expressions pour un locuteur non natif qui n’est pas déjà très aisé en français. Se contenter de « je ne comprends pas » ou à la rigueur « je comprends pas ».)

Pour dire « j’ai déjà les mains pleines, je ne peux rien porter d’autre », la tournure idiomatique est « j’ai pas trois mains ».