L’orthographe de la forme conjuguée de étiqueter prend deux t (bien que d’après le wiktionnaire l’Académie l’ait déclarée incorrecte). Je pense qu’un des deux t a chuté pour conserver la cohérence entre la prononciation /etikəte/ et la règle qui veut qu’un e non-accentué suivi de de consonnes se prononce ɛ.

La rapide succession d’un /ɛ/ (voyelle semi-ouverte : è, ai) et d’un /e/ (voyelle semi-fermée : é) est un peu difficile en français. Il est assez fréquent qu’un /e/ transforme une voyelle /ɛ/ précédente ou suivante en un /e/ ; par exemple miette /miɛt/ donne émietter /emiete/, trait /trɛ/ donne traité /trete/. Je pense que c’est ce phénomène qui explique que le nom étiquette /etikɛt/ a donné le verbe /etikəte/, dans lequel la troisième voyelle, difficile à prononcer, se retrouve non accentuée. La prononciation impose donc l’orthographe avec un seul t. Le nom étiquetage dérive directement du verbe.

Au passage, -ettage est une finale rare. Mon correcteur orthographique connaît un seul mot qui l’utilise (toilettage), contre 14 en -etage. Je ne sais pas si c’est vraiment significatif, vu la diversité des formations (-et + -age, -eter + -age, -e + -age avec t euphonique).