Nier est dans la littérature presque exclusivement suivi du subjonctif, pour l’affirmative aussi bien que pour la négative. Les seules exceptions que l’on trouve dans cette liste sont des constructions particulières comme c’est à tort qu’il a nié que…, personne ne nie que….

L’article parle d’un ne explétif après ne pas nier, qui, il y a deux siècles de cela, était prôné par le Dictionnaire raisonné des difficultés grammaticales et littéraires, alors que l’académie acceptait déjà les deux formes à la même époque, mais depuis environ 1930 c’est à l’inverse devenu l’exception de trouver un ne explétif à cet endroit, bien que ça se trouve encore occasionnellement.

L’article à ce sujet de Girodet confirme l’évolution et contient d’autres exemples intéressants.