Ce ne sont pas les vignerons qui sont bio, c’est leur façon de cultiver. La phrase pourrait s’écrire :

[…] à peine plus de 2 % des viticulteurs champenois pratiquent une agriculture bio.

Être bio, c’est participer au mouvement bio qui consiste à éliminer les pesticides, engrais chimiques, OGM, etc.

Être en bio, c’est ici sensiblement la même chose. La préposition n’est donc pas requise. Elle signale que la production des viticulteurs est “en bio”, respecte les conditions requises.