« La » est nécessaire dans le premier cas parce que dans « la maman de Michel » « la » est un article défini. Dans le second « le » est nécessaire parce que dans « être pharmacienne » il n’y a pas de déterminant et parce que « malade » est un adjectif. Ceci est confirmé par Le Bon Usage dont voici les extraits applicables auxquels j’ai ajouté les caractères en gras.

1/ Pour représenter soit un adjectif, soit un nom construit sans
déterminant ou avec un autre déterminant que l’article défini,
le démonstratif et le possessif, on emploie comme pronom
attribut « le neutre », équivalant à « cela » (démonstratif)
– Ma sœur est une enfant, – et je ne LE suis plus (MUSSET, A quoi rêvent les j. filles,
1,3).
– Une femme compatissante et qui ose LE paraître (R ROLLAND, Précurseurs,
p. 24).
– fêtais mère et je ne LE suis plus (MAUROIS, Ariel, II, 4). —Je les appelle
assassins parce qu’ils LE sont (A. SUARÈS, Vues sur l’Europe, p. 169).
– Servantes ? elles ne L’avaient donc jamais été (LA VARENDE, Troisième jour, p. 237).
– Des amis, nous LE fûmes bientôt en effet (AMBRIÈRE, Solitaire de la Cervara, p. 75).
– Nous sommes des meurtriers et nous avons choisi de L’être (CAMUS, Justes, p. 79),
– Nous n’avons pas à être des logiciens, même quand nous affectons de L’être (BENDA,
Précision, p. 73).
– Il y a des monstres ; nous ne LE sommes pas (HENRIOT, dans le
Monde, 11 déc. 1957).
– Oui, des dieux, et donc des fils de Dieu. Nous LE sommes
(MAURIAC, dans le Figaro litt., 26 sept. 1959).
– Beaucoup de crimes ont cessé de
L’être (FOUCAULT, Surveiller et punir, p. 22). — L’eau, plus glacée encore qu’elle ne
L’était pendant la nuit […] (GENEVOIX, Rroû, p. 174). — Voir aussi § 246, a, 2°.

2/ Le pronom neutre « le » peut représenter un adjectif de n’importe
quel genre et de n’importe quel nombre, même d’un genre et d’un
nombre différant de ceux de l’antécédent
Les Mérovingiens ont été despotes autant qu’ils ont pu L’être (GAXOTTE,
Hist. des Français, 1.1, p. 185).
– Elle demeura tout interdite ;je L’étais beaucoup
moi-même [dit Adolphe] (B. CONSTANT, Ad., II).
– Elle était chrétienne. Son
père et sa mère L’avaient été (HENRIOT, Aricie Brun, III, 3).
– Mais si le père n’était pas exact à l’ouvrage, la fille L’était pour deux (R. BAZIN, Noellet, p. 19).

In theory

Oui, je la suis.

is a possible answer to:

Vous êtes la maman de Michel ?

However, in real life, the answer will likely be:

Oui, c’est moi.

Je la suis is too literary in this context, and mainly used to mean “I follow her” (suivre) nowadays.

Similarly, the second question:

Vous êtes une bonne pharmacienne ?

might be answered by:

Oui, je le suis.

but a much more common reply would be:

Oui, j’en suis une.