Je pense que ‘mé’ est juste pour proposer l’inverse du mot.
‘Mal’ montre l’inverse mais ajoute un côté négatif, mauvais.

Il est difficile de trouver une différence sémantique car les deux préfixes ne sont quasiment jamais en concurrence.

Mal-/mau- vient du Latin malus alors que mé-/més vient selon la plupart des sources du francique missi qui introduit une forme négative ou péjorative (cf. anglais mis-)

Le seul doublon que j’ai trouvé est:

• médire

• maudire

Dans ce cas précis, il ne fait pas de doute que « maudire » est plus intense que « médire ».