Comme « signe » est masculin, « celles » ne peut pas renvoyer à « signe » ; donc ce démonstratif renvoie soit à « hypothèses » soit à « méthodes » et « hypothèses » en admettant qu’il n’y a pas de logique dans l’idée que les études et les recherches pourraient être occidentales ; telle quelle la formulation n’est pas claire.

reformulation claire

les deux, bien qu’il soit assez difficile de concevoir qu’il pourrait exister des méthodes occidentales d’investigation à propos du Maroc

• Les signes de rejet à l’égard de l’Occident qui se manifestent si souvent au moins dans le discours, le poids des études, des recherches, des méthodes d’investigation, des hypothèses de travail, méthodes et hypothèses étant à l’origine celles des Occidentaux à propos du Maroc, restent énormes.

hypothèses

• Les signes de rejet à l’égard de l’Occident qui se manifestent si souvent au moins dans le discours, le poids des études, des recherches, des méthodes d’investigation, et des hypothèses de travail, ces hypothèses étant à l’origine celles des Occidentaux à propos du Maroc, restent énormes.

Il y a autre chose qui n’est pas clair ; qu’est-ce que signifie réellement « un rejet qui se manifeste dans le poids des … » ? Ne serait-ce pas plutôt « un rejet qui se manifeste dans l’estimation (par les marocains) du poids des … » ?

(TLFi) estimation B. Au fig. Jugement (favorable ou défavorable) par lequel on détermine, marque la valeur que l’on attribue (ou doit attribuer) à telle personne ou à telle chose abstraite.

Selon moi “celles” se réfère ici à la fois aux études, méthodes, recherches et hypothèses. Comme tous ces noms sont féminins, “celles” s’impose. Et si dans l’énumération on avait par exemple placé “rapports”, on aurait employé “ceux”.

Je pense aussi, si cela peut aider la compréhension de la phrase, que “restent” s’applique à la fois aux signes et au “poids” (de toutes ces choses qui sont à l’origine celles des occidentaux à propos du Maroc)