La réforme de l’orthographe de 1990 en fait même la forme officielle.

4 Tréma : dans les mots suivants, on place le tréma sur la voyelle qui doit être prononcée : aigüe (et dérivés, comme suraigüe, etc.), ambigüe, exigüe, contigüe, ambigüité, exigüité, contigüité, cigüe. Ces mots appliquent ainsi la règle générale : le tréma indique qu’une lettre (u) doit être prononcée (comme voyelle ou comme semi-voyelle) séparément de la lettre précédente (g).
_{(Site web de l’Académie Française)}

Cela dit le succès de la réforme étant assez relatif en ce qui concerne les changements de graphies — avec un petit 3% de succès pour ognon ^WP — il n’y aucun problème pour utiliser ambiguë, sauf avec les fanboys de l’Académie. En fait c’est peut-être même le contraire, certains pourraient trouver ambigüe snob s’ils connaissent et désapprouvent la réforme, ou le trouver incorrect sinon.

Le ngram suivant semble d’ailleurs confirmer qu’ambigüe n’a pas beaucoup de succès