Un peu de clarté… dans la confusion ! 😉 :

Pour exprimer un état de cette sorte de chose, tu as :

• L’adjectif confus directement emprunté au latin confusus participe passé de confundere (confondre). Attesté dès le XIIè et d’abord au sens de couvert de honte.
  Il a depuis vécu sa vie propre.

• L’adjectif confondu directement issu du participe passé du verbe français confondre. Utilisé au sens très fort de troublé, déconcerté à la même époque. Il vivra sa vie propre de son coté lui aussi.

C’est ce dernier sens que rend l’anglais “to be confused”.
Être confus, traduisant plutôt l’anglais “to be embarassed”

Tu as donc bien raison de conserver à être confus le sens de honte et d’excuses donc conséquentes.

Pour exprimer le fait qu’on ne sait pas trop où on en est, qu’on ne sait quel jugement former, qu’on a un avis mais qu’on doute d’avoir raison, il est possible d’utiliser

Je suis perplexe.

Cependant, dans certain contexte, je suis perplexe peut également signifier que l’on remet (poliment) en question une affirmation (‘perplexe’ penche alors vers dubitatif, qui serait moins ambigu dans ce contexte-là.)

D’un autre côté, comme vous le signalez, Je suis confus a pris le sens de: “Je ne sais pas comment m’excuser” (tout comme l’expression “se confondre en excuses”). Toutefois, l’adjectif confus n’a pas nécessairement cette notion de honte: cela dépend aussi de son utilisation dans la phrase. Par exemple, on peut dire :

Tout cela est très confus pour moi.

pour indiquer que l’on n’y comprend rien, sans en être embarassé pour autant, ou encore

Ses paroles étaient confuses.

pour parler de quelqu’un qui ne s’exprime pas clairement.

Enfin, une autre solution pour dire qu’on ne sait VRAIMENT plus où on en est, est d’utiliser:

Je suis déboussolé.