L’imparfait du subjonctif est un temps qui, même à l’écrit et hors registre soutenu (voire très soutenu), a tendance à ne plus être utilisé. Son utilisation est correcte mais n’est plus en phase avec l’usage dans la plupart des cas.

Hormis cette exception, utiliser le mauvais mode est une faute, bien que certaines utilisations erronées soient courantes, par exemple l’utilisation du présent de l’indicatif au lieu du présent du subjonctif comme dans la phrase:
Il faut que j’aie au moins 10 à mon prochain partiel. où j’aie et j’ai sont homophones.

En complément de la réponse de Sacha, il ne faut pas négliger la cohérence à laquelle on s’attend au sein d’une même phrase.

Le pronom ça est du registre courant ou relâché, il n’est donc pas vraiment compatible avec l’imparfait du subjonctif pût qui est d’un registre très soutenu.

✓ Je ne pensais pas que ça pouvait arriver (courant, y compris à l’écrit aujourd’hui)
✓ Je ne pensais pas que cela pouvait arriver (soutenu, rare à l’oral)
✓ Je ne pensais pas que ça puisse arriver (hybride)
✓ Je ne pensais pas que cela puisse arriver (soutenu)
✘ Je ne pensais pas que ça pût arriver (registres trop différents, introuvable)
✓ Je ne pensais pas que cela pût arriver (très soutenu, littéraire mais la norme à l’écrit jusqu’au milieu du XX^e siècle)