On ne peut pas mettre deux fois y, d’autant plus que celui qui est présent peut être considéré comme faisant déjà référence à sur la table.

On voit des fleurs sur la table.

On y voit des fleurs.

En conservant la locution il y a, on peut écrire :

Il y a là des fleurs.

Voir aussi: Que remplace le pronom « y » dans l'expression « il y a » ?

Pour un remplacement dans la phrase même, il n’y a pas de possibilité d’utiliser « y »; il faut remplacer « il y a » par une tournure dans laquelle « y » devient un pronom avec un référent.

Il aperçoit une grande table ; dessus, s’y trouvent des fleurs.

On peut cependant écrire ces phrases plus simplement comme suit ;

Il aperçoit une grande table ; dessus, se trouvent des fleurs.