Tout dépend du mètre : on ne peut pas dire que « graphie naturelle » a une prononciation particulière dans n’importe quel contexte.

La règle ne dit ni « toujours le prononcer » ni « ne jamais le prononcer ». Elle dit plutôt :

• Si le mètre exige un pied qui n’est pas fourni par les autres syllabes selon leur prononciation habituelle,

• choisir un e caduc et le prononcer.

Par exemple, prenons les deux premières strophes du poème « Le misanthrope philinte » de Molière :

Mon Dieu ! des mœurs du temps mettons-nous moins en peine

Et faisons un peu grâce à la nature humaine

Ne l’examinons point dans la grande rigueur,

Et voyons ses défauts avec quelque douceur.

Si on en compte les syllabes on trouvera qu’il y en a 12 dans chaque vers : il s’agit de l’hexamètre. Sauf le troisième vers où il n’y en a que 11 !

On doit donc trouver une autre syllabe pour complémenter ce vers. On la demandera de « grande » dont le e caduc se prononcera.

Par contre on laissera muet le dernier e de « peine » dans le premier vers car on n’en a pas besoin.

Il en est de même pour « graphie naturelle ». On doit savoir de quel vers la phrase est tirée.