Je ne pense pas qu’il y ait une origine particulière. Il s’agit simplement d’une exclamation de dépit. Néanmoins on peut retrouver des écrits datant du 19e siècle comme sur ce site où on l’utilise déjà dans ce sens :

–C’est pas tout, fait le paysan. Dans la chambre que j’vous propose, y a pas d’lit ! –Allons bon ! encore un bâton dans les roues 1889.

Si l’on part sur l’hypothèse d’un juron sociabilisé, il faudrait remonter au temps où l’Église toute puissante, aux penchants doloristes établis, pouvait excommunier les parjures.

L’interdiction de proférer n’empêchait pas la formulation sous-jacente :

Allons bon [Dieu ! Une épreuve encore à surmonter]

Si on se base des définitions respectives des 2 mots sur le Larousse :

Allons (interjection) : Exprime la consolation, l’affection,
l’encouragement, l’agacement, l’impatience, etc. Allons ! ne
t’inquiète pas.

Définition source de allons

Bon (adv.) : Renforce une interjection (Ah bon ! Allons bon !)

On peut en déduire que l’expression provient de l’interjection qui a été renforcée par le mot “bon” (en tant qu’adverbe). Ainsi pour le reste de l’explication, je vais laisser de côté l’utilisation du mot “bon” pour me concentré sur “allons” en tant qu’interjection.

“Allons” est une interjection d’origine verbale formée sur un impératif(type qui est attesté depuis l’époque médiéval). Pourtant celle-ci n’apparaît qu’à une époque plus tardive du français par rapport au moyen-âge et apparaît officiellement pour la première fois dans le Dictionnaire de l’Académie Française dans sa première édition de 1694 avec la définition suivante :

allons : se dit dans le sens d’agir, & s’employe pour exciter à faire quelque chose

On retrouverait donc ce qui est assimilable à une “interjection d’appel”.

Voilà je pense que “Allons bon” découle de l’utilisation de l’interjection “allons”. Par ailleurs je vous met en lien mes sources, qui fournissent bien plus d’informations que cette version très courte de l’explication.
Livre consultable en ligne sur l’origine et l’évolution de l’interjection “allons”, démarre à la page 310