Il y a une faute de grammaire (le commentaire a probablement été rédigé ou traduit un peu vite) : la phrase devrait être

Nous désirons présenter nos ‎excuses pour le traitement tout à fait inacceptable dont ont fait l’objet les bagages de nos passagers.

Le sujet du verbe est « les bagages de nos passagers ». Les bagages ont fait l’objet d’un traitement tout à fait inacceptable.

Le pronom relatif dont peut remplacer un complément de nom, pas seulement un complément d’objet indirect.