Le masculin l’emporte dans un tel cas, c’est donc la première phrase qui est correcte:

Les stations de base et les utilisateurs sont équipés d’une seule antenne.

La règle habituelle demande le masculin, mais l’usage (de mémoire même tel qu’observé par le Bon Usage) est un peu plus flottant, certains semblent accorder avec le dernier terme (ce qui dans ton cas ne change rien) ou le terme logiquement plus important quand il domine relativement nettement les autres (ici les deux termes semblent d’importance égale).

Le masculin ne l’emporte pas toujours ! La règle de proximité, apparue il y a déjà fort longtemps, nous montre que l’inégalité n’est pas une fatalité et qu’on peut tout à fait se passer du principe de “genre plus noble“.