The “l'” is indeed the elided form of “le”. It is a pronoun that replaces “extrêmement important”.

Let us imagine the sentence without this pronoun:

Cette affaire, extrêmement importante, est extrêmement importante pour une autre raison.

Repeating “extrêmement importante” is awkward and should be avoided. Hence, it is replaced by a pronoun.

A similar example:

Sa voiture est-elle grande ? Oui, elle l’est (= elle est grande)