Je pense que la formulation correcte serait :

Je détiens un Master Mécanique équivalant à un Magistère.

Dans ce cas on utilise le participe présent car équivalant n’est pas employé comme un adjectif mais comme un verbe.

Par ailleurs à moins qu’il ait été fait référence à un Magistère spécifique avant cette phrase, la forme indéterminée à un est préférable à au. On peut utiliser équivalent, mais il faut reformuler et on attend une suite à la phrase :

Je détiens un Master Mécanique, un équivalent du Magistère […]

Complement à la réponse :

1- Équivalent(e) : c’est un adjectif ou un nom, selon les cas.
Exemples : ‘ Ces deux sommes sont équivalentes ‘ (adjectif). ‘ Il a
vendu aujourd’hui l’équivalent des ventes d’une semaine entière ‘
(nom).

2- Équivalant : c’est le participe présent invariable du verbe ‘
équivaloir ‘. ‘ Équivalant ‘ = ‘ qui équivaut ‘. Exemple : ‘ Son
travail fourni aujourd’hui équivalant (= qui équivaut) à 7 heures, cet
employé sera payé 7 heures.’

Source :

http://lebonusage.over-blog.com/article-les-homophones-equivalent-et-equivalant-73738482.html

ou

http://alorthographe.unblog.fr/2010/05/10/les-homophones-equivalent-et-equivalant/

Voir aussi :

https://www.cordial.fr/dictionnaire/definition/%C3%A9quivalent.php