Dans la phrase :

L’essentiel est que vous soyez arrivés.

Ici, on pense à une chose qui aurait pu arriver à ces personnes. Si elles avaient subit cette chose, elles ne seraient peut-être pas arrivées. Il y a une supposition pour qu’elles soient bien arrivées. Cette supposition est qu’il ne leur est rien arrivé. C’est pourquoi on emploie le subjonctif.

Dans la phrase :

Ce qui est essentiel, c’est que vous êtes arrivés.

Cette phrase n’est pas correcte, on doit aussi employer ici le subjonctif.

C’est un des cas où le subjonctif et l’indicatif sont tous deux possibles. Grevisse, après avoir donné des règles pour le choix du mode dans les propositions conjonctives essentielles, règles d’ailleurs souvent exprimées de manière particulièrement peu normative même pour lui, continue en disant

Les autres propositions sujets sont d’ordinaire à l’indicatif, mais le subjonctif apparaît parfois quand on ne s’engage pas sur la réalité du fait (parfois aussi dans des cas où il ne s’explique pas vraiment)

et suivent une série d’exemples les uns avec de l’indicatif, les autres avec le subjonctif. Deux d’entre eux sont formés sur le modèle « l’essentiel est que … » utilisant chacun un mode différent.