I’d say your first interpretation is better. In your french sentence, “justement” is a matter of time like :

We were wondering at the moment how to…

This is my interpretation 😉

Justement peut avoir plusieurs sens :

1- En accord avec une idée de justice :

Il a fait un excellent travail et il a été justement récompensé par un premier prix.

2- Avec justesse (dans le sens de rigueur) :

Je dirais très justement que les adverbes juste et justement doivent être différenciés.

C’est synonyme de « exactement » ou « précisément » dans ce cas.

3- Sert à marquer la concordance de deux faits ou la simultanéité de deux actions :

On se demandait justement comment y aller quand on t’a trouvée.

C’est synonyme de « au moment où » (→ Au moment où on t’a trouvée on se demandait comment y aller), on peut aussi employer « précisément » dans ce sens là. C’est certainement le sens le plus courant de « justement ».

4- Dans un dialogue, placé en début de phrase, il sert à « justifier » (→ dans le sens de donner une raison) :

A- Tes parents vont s’inquiéter s’ils apprennent que tu es malade.
B- Justement, je ne vais rien leur dire.

Par ailleurs il ne faut pas confondre les emplois de « juste » (adverbe) et de « justement ».

Je veux juste te parler. → Je ne veux que te parler, rien d’autre.

Je veux justement te parler. → Ça tombe bien que tu sois là parce que j’ai quelque chose à te dire.

À propos des deux phrases de ta question :

We were just wondering how to get there when we found you.

→ Nous nous demandions juste comment y aller quand nous t’avons trouvée.

We were wondering just how to get there when we found you.

→ On se demandait comment précisément y aller quand …

Je n’ai pas écrit :

On se demandait comment y aller précisément quand …
ou
On se demandait précisément comment y aller précisément quand …

parce que dans ces deux dernières phrases « précisément » aurait été compris comme « justement » (3- ci-dessus).