Etymologie

Selon wiktionary :

• d’emblée signifie :

Du premier effort ; du premier coup ; de plein saut.

• et d’entrée :

Dès le début.
(Comme tu l’as noté)

Sens

Dans d’emblée, on pointe l’ordre de l’action : c’est la première fois, pas la seconde.

Dans d’entrée, on insiste durant quelle partie de l’action se déroule l’événement : le début, pas la fin.

Concrètement

Ainsi pour tes deux exemples :

Elles se sont d’emblée entendues à merveille.

Elles se sont entendues à merveille, la première fois, peut être qu’au contraire, la seconde fois, elles ne se sont pas autant appréciées.

Elles se sont d’entrée entendues à merveille.

Elles se sont entendues à merveille, dès le début, mais, l’après midi passant, elles ont fini par ne plus se supporter.

Le sens est très proche mais pas interchangeable !