The sentence is indeed a bit vague, but I suppose the author means that /ɲ/ tends to formally disappear, replaced by /nj/, but as it has a sound extremely close to [ɲ], somehow you could say that every /nj/ has sort of become /ɲ/.

Well, I’m not sure I’m very much clearer than the book…

Ayant eu cette discussion avec des Italiens, car il m’était impossible de distinguer au premier abord des mots qui ne se distinguent que par /nj/ et /ɲ/, je ne suis pas surpris d’entendre que la différence entre /nj/ et /ɲ/ a quasiment disparu en français. Je me souviens avoir fait la liste des paires critiques chez Cosette il y a quelque temps de cela. Apparemment ces quelques paires n’ont pas été suffisantes pour maintenir une distinction entre /nj/ et /ɲ/ en français. Personnellement je ne fais généralement pas de différence entre « minions » et « mignon » par exemple.

Le jour où plus personne ne fait la différence entre /nj/ et /ɲ/ (ce qu’envisage l’auteur de l’extrait), il n’y aura plus de raison de distinguer deux phonèmes. Dans ce cas, étant donné que la prononciation [ɲ] semble prendre le dessus (probablement car moins articulée), elle sera simplement devenue la réalisation standard de la séquence /nj/. Tout comme [tχ] est la réalisation standard de /tʁ/, le phonème /χ/ n’ayant aucune raison d’être distingué en français.