Since genie is a noun and it is not a profession we need an article.So,we should say C’est un genie,also because we can’t use an indefinite article after il est /elle est.

Pour répondre à la deuxième moitié de la question, quand on dit

X est un génie.

ou

C’est un génie.

on veut plutôt dire que quelqu’un est très intelligent. Mais quand on dit

Tu es un génie.

on fait généralement référence à un fait précis, plus qu’à l’intelligence de la personne en général. Plutôt synonyme de

Ton idée est géniale.

(Ou bien il s’agit de sarcasme, signifiant “Tu te prends pour un génie.”)