I would say:

Je crains de ne pas être d’accord.

or: Je crains de ne pas être de votre avis.

or: J’ai bien peur de ne pas être d’accord là-dessus.

or: J’avoue ne pas être d’accord avec vous.

The "softer" use of the expression « je crains » in a different context:

Je crains de ne pas être d’humeur pour bavarder.

The sentence that you suggests sounds as if you are indeed in two minds, rather than trying to tone it down.

Isn’t “I’m not sure I agree with you” just an euphemism? It doesn’t sound idiomatic to me. If you want to soften something you are going to say, there are many ways, so why not saying you are not sure about it, yes.

In that case you could say “je ne suis pas sûr(e) d’être d’accord” or “je ne suis pas sûr(e) que je suis d’accord” (NOT “que je sois”).