I believe you are right. There is no way to make this sentence work.
Here are (simplified) alternatives (the first one is yours, the third one is from cglacet’s comment):
Soient K un ensemble de trucs venant de E, et S un ensemble de machins déduits de K. S est un chose, et l’inclusion S → E fait de S un bidule de E.
Soient K un ensemble de trucs venant de E, et S un ensemble de machins déduits de K. S est un chose, et l’inclusion S → E (est) ce qui fait de S un bidule de E.
Soient K un ensemble de trucs venant de E, et S un ensemble de machins déduits de K. S est un chose, et c’est l’inclusion S → E qui fait de S un bidule de E.
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