Il me semble que la tête peut être comprise comme étant le début et la queue comme étant la fin. Sans ces deux éléments, on peut difficilement comprendre le sens de la chose. Ça n’a aucun fil conducteur qui tient le tout en place.

La définition de la locution dans le TLFi abonde en ce sens :

Sans queue ni tête. (Qui semble être) sans début et sans fin, (qui est) en désordre.

Notons au passage que l’anglais possède une expression qui est sensiblement pareille : not make head(s) or tail(s) of.

L’article de wikipédia sur ce sujet est très pertinent. C’est donc à l’origine une histoire sans début ni fin, ce qui la rend très floue et difficile à comprendre.