Cet emploi du plus-que-parfait exprime bien une antériorité et n’est pas réservé à « j’avais pensé ». Il s’agit d’une antériorité par rapport au moment présent.
Grevisse (Le bon usage) dit que « dans ce cas, le moment présent est en quelque sorte considéré comme déjà tombé dans le passé ».

Je dis très souvent :

 Il pleut, je l’avais bien dit.

Un des exemples donné dans Le bon usage:

Me voici pris : on m’avait pourtant averti. (Corneille, Cinna).

Je marche dans une flaque :

 Mince, je ne l’avais pas vue ! 

Il y a un emploi relativement fréquent du plus-que-parfait qui ne marque pas d’antériorité explicite par rapport à un autre fait, c’est pour faire une demande polie. Par exemple, je pars en vacances et je vais sonner chez mes voisins :

J’étais venu vous demander si vous pourriez prendre mon courrier pendant mon absence.

On pourrait exprimer la même chose avec un imparfait :

Je venais vous demander si ….

ou encore avec le présent :

Je viens vous demander si….

Le présent est le plus « direct », l’imparfait, en marquant une certaine distance avec le présent, atténue le sans-gêne que représente la demande, le plus-que-parfait, l’atténue encore plus.