In Perrault and Flaubert, "il était" vs. "c'étaient"

No, “il était une fois” means “once upon a time, there was”. “Il” is an impersonal pronoun in this phrase, referring to nothing or nobody in particular, as in “il pleut”. You may say “il était une fois un pauvre bûcheron” as a whole sentence.
The grammatical subject is “il”. The semantic or real subject is the bûcheron and bûcheronne.
Yes, but it is not used with plural constructions. For example you cannot say “il était une fois des bûcherons”. Your question is still valid when asking about a series of things and “il était une fois” does not change based on the number of things that follows.
They don’t mean the same thing. c’étaient is closer to it was or they were than to there were.
Ce
The verb agrees with ce but in this case the ce is plural as it refers to des ouvriers, des gens de boutique. This is a different ce — a pronoun — from the article ce which becomes ces in the plural form.

EDIT – TLFI says about #6:

Le gallicisme c’est reste au singulier

quand il est suivi d’une somme, d’un nombre d’heures, d’une quantité au plur. :
- … c’était vingt mille francs qu’elle voulait de ma part, comme des autres… (RESTIF DE LA BRETONNE, M. Nicolas, 1796, p. 99.)
- JACQUES. Mais ce n’est pas vingt ans que tu sembles avoir, mon Jean, et l’on dirait que tu en as à peine douze. (CLAUDEL, La Nuit de Noël 1914, 1915, II, p. 568.)
- quand il est suivi de plusieurs subst. au sing. ou dont le premier est au sing. : … l’enthousiasme se rallie à l’harmonie universelle : c’est l’amour du beau, l’élévation de l’âme, la jouissance du dévouement, réunis dans un même sentiment qui a de la grandeur et du calme. (Mme DE STAËL, De l’Allemagne, t. 5, 1810, p. 187.)
Sauf dans le cas d’une énumération. “Quatre figures colossales de génies marquent les points cardinaux : ce sont : Sed, taureau à face humaine; Nergal, lion à face humaine; Oustour, l’homme; Nattig, à tête d’aigle.” VALÉRY, Variété III, 1936, p. 124.

In Perrault and Flaubert, “il était” vs. “c’étaient”