“différent” agrees with the subject. Here, “année” is not the subject.
You may say (subject being bold) :

Mais tout est différent
Mais cette année est différente
Mais cette année, tout est différent

Adding a comma makes it clearer I guess, but here, the subject is “tout”.
I don’t know where did you find that “tout” can be feminine, but as a indefinite nominal pronoun, it’s not, it’s neutral, so used as a masculine. The feminine of “tout” is “toute”, and cannot be used this way.

You may see usages here (first example in brackets because doesn’t seem to fit) :

2b- TOUT pronom indéfini nominal
Il représente un ensemble de personnes ou de choses.
(La patience n’est pas donnée à tous.)
Tout, dans vos gestes, me rappelle votre mère.
C’est tout.
Tout est là.
Ce sera tout ou rien.
Proverbes. Tout passe, tout lasse, tout casse.
Tout est bien qui finit bien.
Etc.