Il faut bien le subjonctif après les expressions de concession comme bien que ou malgré que, et ses dérivés comme malgré le fait que.

En revanche, malgré que est devenu très archaïque est est considéré aujourd’hui comme une erreur, et ainsi votre phrase ne me semble pas correcte.

Normalement malgré, aujourd’hui, est uniquement suivi d’un nom, sinon on utilise plutôt bien que.

Donc je dirais plutôt "Malgré leur refus d’y croire" (ce qui allège la structure) ou "Bien qu’ils refusaient d’y croire".