The two verbs faire and être have to belong to the same tense, meaning that either they’re both présent, or they’re both passé.

The meaning

Présent

When you know that you’ve already made a choice.

Example :

Cela fait longtemps que ma décision est prise : je vais aller à l’Université de Bordeaux, et non celle de Paris.

Imparfait

It refers to a past choice already revoked, which consequences has already happened. Back in that time, you knew that you had made a choice.

Example :

En Février 1969, je savais que je ne le suivrai pas dans ses aventures en Amérique du Sud. Cela faisait longtemps que ma décision était prise, aussi douloureux était-ce.