Dans des cas ambigus il est possible de compléter la phrase :

Tu en es où, de ta thèse ?

En renvoie à la situation courante, qui est ici précisée à l’aide du complément « de ta thèse ». Il n’est cependant pas possible d’utiliser « être de quelque chose » (avec ce sens) sans le pronom. C’est l’une de ces locutions formées autour de en.

If there were any ambiguity, you could complete the sentence as follows:

Tu en es où, de ta thèse ?

En stands for the current situation, made precise here with the complement de ta thèse. But you can’t use “être de quelque chose” (with this meaning) skipping the pronoun. It’s one of those locutions formed around en.