French tend to avoid repeating the same word or verb, unless it is done for stylish effects so I would suggest:

Si notre société¹ était reprise par X, elle devrait en supporter les conséquences !

Note that the sentence is ambiguous. It is unclear what elle refers to, the acquiring company, the one being absorbed, or (actually the case) something else.

_{¹Company is better translated by société, entreprise, or just boite in casual speech.}

As @jlliagre said, French tend to avoid repeating the same word or verb but in that case, I believe that it depends on what exactly you want to say.

Si notre société (était/devait être) reprise par X, elle devrait en supporter les conséquences !

This sentence has two meanings to me, the important part being the second devoir :

1. The company¹ should and will take consequences
2. The company¹ is probably prepared to take consequences (and probably isn’t)

For the first devoir in the sentence, it only depends on how much you want to express the possibility for this case to happen. If you believe you should use it, then use it.

For the second devoir, I believe it is ambiguous because of the tense you use.
It’s more common to use future tense if what you are saying is that the company will take consequences.

Si notre société devait être reprise par X, elle devra en supporter les conséquences !

Si notre société devait être reprise par X, elle en supportera les conséquences !

If it’s not what you were trying to say, then keep using conditionnel tense and for the repeating of the verb devoir, if I had to remove one, it will be the first occurence, but it’s not an obligation.

_{¹or to whatever refers elle in your sentence}

Je ne suis pas d’accord avec les autres réponses, parce que je pense que la répétition de “devoir” est ambiguë, et devrait donc être évitée.

Soit vous voulez dire :

Il y a une probabilité que notre entreprise soit reprise, et alors elle en supportera inévitablement les conséquences.

Soit :

Si notre entreprise venait à être reprise, il faudrait (moralement, ou dans notre intérêt) que ce soit elle (et personne d’autre) qui en supporte les conséquences.

Plus simplement, la première phrase se reformulerait :

Si notre entreprise devait être reprise, elle en supporterait les conséquence.

Et la seconde :

Si notre entreprise venait à être reprise, elle devrait en supporter les conséquences.