Tu peux toujours utiliser le présent du subjonctif:

Bien que les réformes religieuses et politiques d’Akhénaton soient impondérables

Le subjonctif passé.

Bien que les réformes religieuses et politiques d’Akhénaton aient été imprévisibles pendant le règne d’Amenhotep III, la période d’Amarna est inextricablement liée à celui-ci.

(J’ai remplacé « impondérable » qui signifie « dont l’effet n’est pas calculable ni prévisible mais peut être déterminant » et est donc inapplicable ici, quelque chose ne peut avoir un effet que sur ce qui le suit, pas sur ce qui le précède. Je ne suis pas pour autant sûr que « imprévisible » ait le sens désiré.)

A noter que c’est la forme classique aussi. Les subjonctifs imparfait et plus-que-parfait ne s’employant qu’avec un verbe de principale au passé et « est liée » étant un présent, « fussent » et « eussent été » n’auraient pu convenir.

On peut éviter l’emploi du subjonctif tout en gardant le même sens. Voici ma proposition: “Malgré l’impossibilité de prévoir les réformes religieuses et politiques d’Akhénaton, pendant le règne d’Amenhotep III, la période d’Amarna est inextricablement liée à celui-ci”.

I’m not sure if you wanted to avoid only the subjunctive imperfect, or the imperfect altogether, but if the “simple” imperfect (de l’indicatif) (or past historic) is acceptable, you could perhaps also consider the following (please note also that, as in the other answers, I question somewhat your use of ’impondérables” and I would also agree that you might consider changing “dans” to “pendant”):

Même si les réformes religieuses et politiques d’Akhénaton
étaient/(furent) ?_____ ? (imprévisibles/?inimaginables?) pendant le
règne d’Amenhotep III, la période d’Amarna est inextricablement liée à
celui-ci.