This kind of structure is outdated but still sporadically found in literary texts.

With it, combien is to be understood as the opposite of comme with the negation removed, e.g.:

Combien ne sont-ils pas nombreux ! → Are they not numerous!

is equivalent to:

Comme ils sont nombreux !

So:

Combien ne valez-vous pas plus que les oiseaux !

means:

Comme vous valez plus que les oiseaux !

In modern colloquial French, there is a similar construction:

Il sont pas beaux, mes enfants !

meaning:

Qu’ils sont beaux, mes enfants !

It can be put in parallel with this English exclamative sentence:

Aren’t they pretty!

which means:

They are pretty!